675年（天武天皇4年）に創祀されたと伝えられ、朝廷のあった大和盆地の水源地に位置していることから、古来、水神・雨乞いの神として信仰されてきました。763年（天平宝字7年）より応仁の乱頃までに、96回朝廷の祈雨・止雨の祈願があったといわれています。延喜式内名神大社に列し、二十二社の一つに数えられました。
現在は上（かみ）・中（なか）・下（しも）三社に分かれています。祭神は、上社が高神（たかおかみのかみ）、中社が罔象女神（みずはのめのかみ）、下社が闇神（くらおかみのかみ）です。上社は大滝ダム建設に伴い、平成10年3月より現在地に遷座しました。中社本殿前の石灯籠は1264年（弘長4年）の銘があり、重要文化財に指定されています。また、中社本殿裏・小牟漏岳（おむろだけ）のツルマンリョウ自生地は天然記念物に指定されています。下社の太鼓踊りは奈良県指定無形民俗文化財に指定されています。